La grotte de Vindija en Croatie\u00a0a livr\u00e9\u00a0le deuxi\u00e8me g\u00e9nome complet d’un n\u00e9andertalien\u00a0\u2013 une femme \u2013 qui a pu \u00eatre s\u00e9quenc\u00e9 de fa\u00e7on fiable.<\/p>\n
une \u00e9quipe de l\u2019Institut Max-Planck pour l\u2019anthropologie \u00e9volutive \u00e0 Leipzig vient de s\u00e9quencer un second g\u00e9nome n\u00e9andertalien f\u00e9minin complet. Cette avanc\u00e9e est tout sauf anodine tant les donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques sur l’homme de neandertal\u00a0sont parcellaires.\u00a0<\/p>\n
Mesurons \u00e0 quel point\u00a0: entre 2010 et 2014, on a s\u00e9quenc\u00e9 le g\u00e9nome de l\u2019\u00ab\u00a0Homme de N\u00e9andertal\u00a0\u00bb. Mais comment\u00a0? D\u2019abord en s\u00e9quen\u00e7ant largement, mais avec une fiabilit\u00e9 m\u00e9diocre, le g\u00e9nome d\u2019une \u00ab\u00a0chim\u00e8re g\u00e9n\u00e9tique\u00a0\u00bb, obtenu en raboutant les s\u00e9quences ADN de trois individus n\u00e9andertaliens de la grotte de Vindija en Croatie. Puis, en 2014, on a enfin s\u00e9quenc\u00e9 avec une tr\u00e8s bonne fiabilit\u00e9 le g\u00e9nome de l’homme de N\u00e9andertal. En r\u00e9alit\u00e9 celui d’une femme n\u00e9andertalienne\u00a0de la grotte de Denisova, en Sib\u00e9rie. Depuis, le g\u00e9nome de l\u2019enfant de Mezmaiskaya, une grotte du Caucase, a aussi \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9 mais avec une tr\u00e8s mauvaise fiabilit\u00e9.<\/p>\n
Le nouveau g\u00e9nome provient d’un fossile de la grotte de Vindija en Croatie. Une fois de plus, il a \u00e9t\u00e9 obtenu et s\u00e9quenc\u00e9 par une \u00e9quipe de l\u2019Institut Max-Planck de Leipzig men\u00e9e par Svante P\u00e4\u00e4bo. Comme le g\u00e9nome complet d\u2019un ours des caverne avait pu \u00eatre s\u00e9quenc\u00e9 \u00e0 partir d\u2019ossements provenant de la m\u00eame grotte, les chercheurs s\u2019attendaient \u00e0 ce qu\u2019il soit possible de s\u00e9quencer aussi un g\u00e9nome humain complet \u00e0 partir des fossiles humains retrouv\u00e9s dans cette grotte, o\u00f9 les n\u00e9andertaliens ont v\u00e9cu jusqu\u2019il y a environ 44\u00a0000\u00a0ans. C\u2019est dans le fragment \u00ab\u00a033.19\u00a0\u00bb, dont le caract\u00e8re n\u00e9andertalien avait \u00e9t\u00e9 prouv\u00e9 par le s\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ADN mitochondrial, qu\u2019ils ont trouv\u00e9 le plus d\u2019ADN nucl\u00e9aire. Une fois cet ADN discrimin\u00e9 de celui d\u2019un m\u00e2le n\u00e9andertalien qui l\u2019avait l\u00e9g\u00e8rement contamin\u00e9 puis s\u00e9quenc\u00e9, que nous apprend-il ?<\/p>\n
D’abord, il permet de pr\u00e9ciser la proportion n\u00e9andertalienne du g\u00e9nome des Eurasiens modernes\u00a0: toutes les populations non africaines hors celle d\u2019Oc\u00e9anie portent entre 1,8 et 2,6 % d\u2019ADN n\u00e9andertalien. Cette analyse confirme aussi que les Extr\u00eames Orientaux en ont un peu plus que les Europ\u00e9ens.<\/p>\n
Il s\u2019av\u00e8re par ailleurs que le nouveau g\u00e9nome f\u00e9minin n\u00e9andertalien partage avec les Africains (dont le g\u00e9nome est cens\u00e9 \u00eatre proche de celui des Sapiens qui sont sortis d\u2019Afrique) le m\u00eame nombre d\u2019all\u00e8les (versions des g\u00e8nes) que la femme n\u00e9andertalienne de Denisova. En clair, il semble \u00eatre \u00e0 la m\u00eame distance g\u00e9n\u00e9tique du g\u00e9nome sapiens. Or le g\u00e9nome de la femme n\u00e9andertalienne de Denisova avait montr\u00e9 qu\u2019un m\u00e9tissage des n\u00e9andertaliens avec les\u00a0hom<\/em>o\u00a0sapiens<\/em>\u00a0s\u2019est produit il y a plus de 100\u00a0000 ans. Ainsi, il semble que ce m\u00e9tissage ait eu lieu avant que les populations europ\u00e9ennes et\u00a0sib\u00e9riennes\u00a0de n\u00e9andertaliens n\u2019aient diverg\u00e9.<\/p>\n Un r\u00e9sultat qui r\u00e9sonne avec le sc\u00e9nario imagin\u00e9 r\u00e9cemment par l\u2019\u00e9quipe de Cosimo Posth, de l\u2019Institut Max Planck pour l\u2019histoire humaine de T\u00fcbingen. Pour expliquer que l\u2019ADN mitochondrial n\u00e9andertalien semble plus proche de celui de\u00a0Homo sapiens<\/em>\u00a0que de celui de son anc\u00eatre\u00a0Homo heidelbergensis<\/em>, ces chercheurs ont propos\u00e9 que\u00a0le passage d\u2019Afrique en Europe d\u2019un groupe au g\u00e9nome proche de celui des hommes modernes\u00a0se serait produit il y a entre 470\u00a0000 et 220\u00a0000 ans<\/a>.<\/p>\n Le s\u00e9quen\u00e7age de la femme de Vindija a aussi permis \u00e0 l’\u00e9quipe de Svante P\u00e4\u00e4bo d\u2019identifier 10\u00a0% de zones suppl\u00e9mentaires d\u2019ADN directement h\u00e9rit\u00e9es des n\u00e9andertaliens. Ces r\u00e9sultats confirment ce qui avait d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 constat\u00e9 \u00e0 partir de l\u2019ADN de la femme n\u00e9andertalienne de Denisova\u00a0: les g\u00e8nes n\u00e9andertaliens que la s\u00e9lection naturelle a conserv\u00e9 jusqu\u2019\u00e0 nous ont jou\u00e9 un r\u00f4le positif dans l\u2019adaptation de nos anc\u00eatres aux conditions r\u00e9gnant en Eurasie, notamment au froid. Toutefois, dans les conditions de vie actuelles,\u00a0ces g\u00e8nes favoriseraient nombre de maladies li\u00e9es au \u00abmauvais\u00bb cholest\u00e9rol (LDL),\u00a0\u00e0 taux de\u00a0vitamine D ainsi que l\u2019ob\u00e9sit\u00e9, l\u2019arthrite rhumato\u00efde, la schizophr\u00e9nie et certaines maladies de peau.<\/p>\n